口服避孕藥中的雌激素組分可促進肝臟合成與凝血相關的血清球蛋白（如凝血因子Ⅶ、Ⅹ和纖維蛋白原），從而增加靜脈血栓栓塞危險。美國曾有一項研究顯示，服用炔雌醇（<50μg）配伍炔諾酮或左炔諾孕酮者，發生靜脈血栓栓塞的危險是未服用者的4倍，但其絕對危險仍低于妊娠相關性靜脈血栓栓塞危險；服用含去氧孕烯復方口服避孕藥者的危險為服用含左炔諾孕酮者復方避孕藥者的1.7~19倍。因此，有不明原因靜脈血栓栓塞史，或有與妊娠或外源性雌激素使用相關的靜脈血栓栓塞史的女性，除非服用抗凝藥物，否則都不建議服用復方口服避孕藥。

　　過去的研究發現，口服避孕藥的應用與深部靜脈血栓和非致命性肺栓塞發病率的上升有關。但是近來的研究發現口服避孕藥與致命性肺栓塞也有關系，服用口服避孕藥女性出現下肢血栓導致肺栓塞的危險，出乎意料地高。新西蘭的研究者回顧了近期生育期女性所有致命性肺栓塞病例，發現死于肺栓塞的女性有65%服用避孕藥物。

　　此研究估計，口服避孕藥造成女性肺栓塞死亡的幾率為10.5人/年/100萬，尤其是第三代避孕藥（主要含去氧孕烯或甲地孕素）危險性較大。當然避孕藥在存在危險的同時也存在益處，人們不必因此恐慌，只是應該充分認識可能的好處及可能的危險。