大多數病毒自身缺乏代謝系統，須在宿主細胞內完成復制，所以，抗病毒藥在對病毒產生作用的同時，對正常細胞也有一定的影響，從而可導致相關不良反應發生。目前，臨床使用的抗病毒藥往往是一種藥物針對某種病毒，如果沒有針對具體病毒而濫用抗病毒藥，不僅用藥后起不到相應的治療效果，相反還可能產生藥物不良反應。

　　阿昔洛韋  又名無環鳥苷、甘泰，口服用藥時可出現食欲減退，長期口服還可出現頭痛、眩暈、惡心、腹瀉、關節疼痛等，其主要經腎由腎小球濾過和腎小管分泌而排泄，可發生腎小管內藥物結晶沉積，引起腎功能損害。

　　利巴韋林  又名三氮唑核苷、病毒唑，口服時部分患者可能發生腹瀉。如果長期、大量應用則可能引起溶血性貧血、白細胞減少、肝功能異常、心率減慢等不良反應。動物實驗表明，該藥可導致胎兒畸形，故妊娠婦女，特別是妊娠頭3個月應禁用。另外，哺乳期婦女、嚴重貧血、胰腺炎、有心臟病史或明顯心臟病癥狀患者也不要使用利巴韋林。

　　金剛烷胺  主要不良反應是中樞神經系統不良反應，如頭暈、嗜睡、失眠、易激動、神經質、焦慮、注意力不集中、輕微頭痛，甚至出現共濟失調、行為改變、抽搐等。其次是胃腸道不良反應，主要表現為惡心、厭食，但一般癥狀較輕，停藥后大多可迅速消失。皮疹也是常見的不良反應。此外，部分患者服藥期間出現畏光。妊娠婦女、腦動脈硬化、癲癇以及其他中樞神經系統疾病患者禁用。