首先，生產及配方組成不同。

　　藥品的生產能力和技術條件，都要經過國家有關部門嚴格審查，并通過藥理、病理和病毒的嚴格檢查及多年的臨床觀察，經有關部門鑒定批準后，方可投入市場。而保健品勿需經過醫院臨床實驗等便可投入市場。這樣，屬于藥品的必然具有確切的療效和適應癥，不良反應明確；屬于食品的則不然。

　　第二，生產過程的質量控制不同。

　　作為藥品產品（藥字號），必須在制藥廠生產，生產過程中的質量控制要求很高，空氣清潔度、無菌標準、原料質量等，目前，要求所有的制藥都要達到GMP標準（藥品生產質量規范）；而作為食品的產品（食字號），則可以在食品廠生產，標準比藥品生產標準低。

　　第三，療效方面的區別。

　　作為藥品，一定經過大量臨床驗證，并通過國家藥品食品監督管理局（SFDA）審查批準，有嚴格的適應癥，治療疾病有一定療效；而作為食品的保健品，則沒有治療作用，僅僅檢驗污染物、細菌等衛生指標，合格即可上市。