口蹄疫與手足口病是截然不同的兩種傳染主要有以下區別：
    (一) 病原體不同
    口蹄疫的病原體為口蹄疫病毒,屬人畜共患病原體。手足口病是由數種腸道病毒感染所致，各地流行中常見病原是柯薩奇病毒A組16型(即CoxAl6)等。
     (二) 傳染源不同
    口蹄疫病毒只引起偶蹄類動物如牛、羊、豬、鹿、駱駝等發生，成為人患口蹄疫的傳染源。只有先出現獸疫，才有可能使人患病。手足口病的傳染源是患者和腸道攜帶病毒的人，屬于人類疾病。
     (三) 傳播途徑不同
    口蹄疫是通過接觸病畜口腔、蹄冠部的潰瘍爛瘢，經皮膚黏膜感染的；偶爾也有食用了病毒污染而又未加熱(巴氏消毒)的奶感染的。因此，人患口蹄疫是極為散在發生的。手足口病是由于接觸病人，通過日常生活用品、食具、玩具的污染經口感染的，  也可通過呼吸道傳播。  因此，可出現不同規模的流行。
    (四) 發病人群不同
    人患口蹄疫決定于與病畜的接觸，發病人群的年齡廣泛；手足口病主要是幼兒傳染病，3歲以下患兒占絕大多數，很少有超過5歲以上者。
     (五) 癥狀體征不同
     口蹄疫、手足口病雖患病部位均在口腔、手指間、足趾端，有相似之處，但癥狀體征各有不同?？谔阋咂鸩『笾饕憩F為發熱等全身中毒癥狀和局部皰疹損害兩大特征。手足口病大多無熱或低熱，僅有呼吸道感染和口腔黏膜皰疹及手指、足部、臀部、膝部丘疹。
     (六) 診斷依據不同
    口蹄疫需先有當地牲畜口蹄疫發生或流行，并有與病畜接觸機會，或飲用病畜污染而未加熱的奶等感染關系。手足口病，患兒傳染性明顯，呈流行性傳播，且臨床表現有區別?？谔阋?、手足口病都可在臨床基礎上診斷，必要時分離病毒做出病原學確診。